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Depois de um deploy, arquivos no disco podem ser novos enquanto processos PHP-FPM ainda executam bytecode armazenado. Confira validate_timestamps, revalidate_freq e a diferença de configuração entre CLI e FPM; não presuma que um reset via Drush limpa pools web.
Use releases identificáveis, troque o symlink de forma coordenada e valide reload gracioso. Em múltiplos nós, exponha um identificador seguro de versão no health check e teste cada origem. Evite endpoint público de invalidação de cache e não aumente memória OPcache sem medir saturação.
Leia a análise da Mindcore sobre OPcache e ciclo de publicação Drupal.